Tout commence le 20 septembre 1918 : Padre Pio a une vision et des stigmates apparaissent. Le documentaire traite de la prudence voire de l’hostilité des instances de l’église sur l’origine surnaturelle de ses blessures et celle de ses dons de thaumaturge et de bilocation : Andrea Tornielli rappelle la grande précaution de l’église vis-à-vis des phénomènes mystiques. Padre Pio n’a parlé de sa vision que le 22 octobre, par ordre de son directeur spirituel. Il n’a pas cherché les stigmates car c’était un grand mystère pour lui-même et il pleurait devant le crucifix.
Selon le Frère Yves Combeau, la théologie du prêtre était celle de la victime consacrée offerte à Dieu, notamment pendant la messe. Le Père Luciano Lotti évoque l’enthousiasme éprouvé dès le début par les gens du lieu, mais c’est seulement en mars 1919 que le premier article dans la presse parait. Une sœur raconte qu’il se lamentait de la foule massée sous ses fenêtres : pourquoi aller trouver un apprenti au lieu d’aller chez le patron ! Il est le premier prêtre à recevoir les stigmates, dans une période marquée par le traumatisme de la première guerre mondiale. Il n’était pas un grand prédicateur ni un fin théologien mais on venait le voir pour guérir ou retrouver la foi.
Des médecins viennent examiner les stigmates. Leurs rapports sont nuancés : il s’agirait de lésions, d’escarres. Le Père franciscain Agostino Gemelli est plus suspicieux. En mai 1921 la congrégation du Saint-Office envoie Mgr Raffaele Carlo Rossi enquêter. Selon lui, Padre Pio est une personne de foi et les stigmates ne sont pas une simulation. Mais il condamne l’idolâtrie qui règne à San Giovanni Rotondo. S’ ensuit alors « la première persécution » avec des restrictions à sa vie de prêtre auxquelles il se soumet. Il pourra de nouveau célébrer la messe et confesser à partir de 1933.
En 1939, Pie XII, dévot de Padre Pio, est élu. Le culte de Padre Pio est assimilé à celui de Saint François : il est désigné par le Christ pour souffrir, mais aussi pour soulager la souffrance. Karol Wojtyla lui écrit des lettres, les pèlerins affluent à San Giovanni Rotondo pour vivre une expérience de conversion. Après-guerre, il entreprend la construction de l’hôpital Casa Sollievo della Sofferenza. Padre Pio aurait confessé des millions de personnes.
En septembre 1968, il célèbre sa dernière messe, les stigmates disparaissent et il meurt le lendemain. Si le Saint Office ne s’est jamais prononcé sur les stigmates, Jean-Paul II s’est battu pour le béatifier et le canoniser rapidement. La dévotion populaire suscitée par Padre Pio ne se rapporte pas qu’à sa personne, car elle ne faiblit pas.